Bien être

Diversité alimentaire et microbiote : ce que montrent les études

Votre intestin héberge entre 10¹² et 10¹⁴ micro-organismes. Selon le dossier de l’Inserm consacré au microbiote intestinal, environ 1 000 espèces bactériennes ont été identifiées chez l’humain. Chaque personne en porte en moyenne 160, dont seulement la moitié se retrouve couramment d’un individu à l’autre, et un noyau de 15 à 20 espèces semble commun à tous.

Cette variabilité explique pourquoi personne ne sait dire à quoi ressemble un microbiote « équilibré ». Dans une mise au point publiée en mars 2026 sur Santé.fr, l’Inserm l’écrit sans détour : « il n’existe à ce jour aucun seuil clairement défini pour déterminer un microbiote sain ou déséquilibré ». Un profil normal chez une personne peut paraître anormal chez une autre.

Le droit suit la même prudence. Aucune des allégations de santé autorisées par le Règlement (UE) n°432/2012 du 16 mai 2012 ne porte sur l’équilibre du microbiote. Une étiquette qui promet de le « rééquilibrer » ne s’appuie donc sur aucune allégation validée par l’EFSA.

Notre choix éditorial découle de ce constat. Nous parlons de microbiote diversifié, une donnée que les laboratoires de recherche savent mesurer, plutôt que d’équilibre, une promesse que personne ne sait vérifier.

Le chiffre de 30 vient d’un projet de science participative. Parus le 15 mai 2018 dans la revue mSystems, sous la signature de Daniel McDonald, Rob Knight et leurs collègues, les premiers résultats de l’American Gut Project comparaient des volontaires selon le nombre de plantes différentes mangées chaque semaine. Ceux qui dépassaient 30 types de végétaux avaient un microbiote intestinal plus diversifié que ceux qui en consommaient 10 ou moins, quel que soit leur régime, végétarien ou non. Leurs échantillons contenaient aussi moins de gènes de résistance aux antibiotiques.

Gardons la mesure. Les deux groupes comparés comptaient 41 et 44 personnes, ce qui reste modeste, et 30 n’a rien d’une recommandation officielle : aucun organisme français n’a fixé de seuil de ce type. Ce repère garde un mérite pratique, celui d’obliger à compter des espèces plutôt que des portions.

Herbes aromatiques, épices, graines, fruits à coque, légumes secs et céréales complètes entrent tous dans ce décompte. Une pincée de cumin compte. Même chose pour le persil de la soupe. Un mélange d’herbes séchées en apporte plusieurs d’un coup.

L’hypothèse avancée par les chercheurs tient en une phrase : chaque végétal apporte son propre assortiment de fibres et de composés végétaux, et les familles de bactéries intestinales n’ont pas les mêmes préférences. Résultat, une assiette répétitive nourrit toujours les mêmes.

En Allemagne, la Study of Health in Pomerania a suivi 6 753 adultes et comparé deux scores : l’un mesure la variété de l’alimentation, l’autre sa conformité aux recommandations nutritionnelles. Publiés en 2025 dans le Journal of the American Nutrition Association, les résultats montrent que le score de variété était davantage lié à la diversité du microbiote que le score de qualité, dans le sous-groupe dont les échantillons ont été séquencés. La variété y était aussi associée à un risque moindre de syndrome métabolique (odds ratio de 0,89 après cinq ans), selon la synthèse du CERIN.

Côté français, le point faible concerne les fibres, nourriture privilégiée des bactéries du côlon. D’après l’étude Esteban de Santé publique France, menée entre 2014 et 2016, seuls 13 % des adultes atteignaient 25 g de fibres par jour. Dans une revue parue en janvier 2026 dans médecine/sciences, Marie Boudaud, Benoit Chassaing et leurs collègues rappellent que les produits ultra-transformés représentaient, dans les années 2010, 35,9 % de l’apport énergétique des Français, contre 57,9 % chez les Américains. Leurs travaux, menés en grande partie chez la souris, pointent notamment certains émulsifiants alimentaires qui altèrent la couche de mucus protégeant la paroi intestinale.

Ces études restent observationnelles pour la plupart, ou réalisées chez l’animal. Elles décrivent des associations, et un microbiote plus diversifié ne vaut pas, à lui seul, certificat de bonne santé.

Un essai mené à l’université Stanford nuance le tableau. Publié le 12 juillet 2021 dans la revue Cell par l’équipe de Justin et Erica Sonnenburg et de Christopher Gardner, il a réparti 36 adultes en bonne santé entre deux régimes pendant dix semaines : l’un riche en fibres, l’autre riche en aliments fermentés (yaourt, kéfir, kombucha, kimchi, légumes lacto-fermentés). Chez les participants du second groupe, la diversité du microbiote a progressé, d’autant plus que les portions étaient importantes. Dans le groupe fibres, elle est restée stable sur la durée de l’essai (communiqué de Stanford Medicine).

Trente-six personnes, c’est peu, et dix semaines aussi. L’essai rappelle pourtant que la variété des végétaux n’est pas la seule piste étudiée. La mise au point de l’Inserm publiée sur Santé.fr cite d’ailleurs les deux familles côte à côte : une alimentation variée et riche en fibres, et des aliments fermentés comme le yaourt, la choucroute, le kimchi, le kéfir ou le kombucha.

Nos tables françaises n’ont pas attendu la mode du kombucha. Choucroute crue d’Alsace, fromages affinés, yaourt nature, légumes lacto-fermentés en bocal : ces produits se mangent ici depuis des générations. Selon nous, la lecture la plus raisonnable de ces travaux combine les deux approches, avec beaucoup d’espèces végétales différentes et des aliments fermentés présents régulièrement au menu.

Voici la grille que nous proposons, calée sur ce qu’offrent les marchés français en octobre. Objectif : dépasser les 30 espèces végétales en sept jours, avec des aliments fermentés plusieurs fois dans la semaine.

Quelques habitudes suffisent souvent à faire grimper le compteur :

• Remplacer le sachet unique de graines par un mélange maison (courge, tournesol, lin, sésame), soit quatre espèces d’un coup ;
• Saupoudrer un mélange d’herbes séchées sur une salade, une soupe ou une tartine : le Végétal 10 de Botaniflor réunit dix plantes aromatiques (thym, romarin, mélisse, shiso pourpre…), le Végétal 15 en compte quinze, certaines présentes en deux variétés comme le basilic vert et le basilic thaï ;
• Tourner entre trois légumes secs plutôt que racheter toujours les mêmes lentilles ;
• Changer de pain une semaine sur deux : seigle, épeautre, sarrasin ;
• Garder un bocal de légumes lacto-fermentés au réfrigérateur pour garnir les assiettes de la semaine ;
• Finir les légumes de la semaine en soupe le dimanche soir, avec le reste des herbes.

Les algues alimentaires forment une famille à part, absente de notre grille de végétaux terrestres mais bien présente sur le littoral breton ou Galicien. Notre gamme Botaniflor en propose deux mélanges à saupoudrer : l’Océan 4 associe wakamé, laitue de mer, spaghetti de mer et codium, et l’Océan 6 y ajoute le kombu et la dulse. Leur goût iodé relève une soupe de légumes ou un bol de céréales en quelques secondes.

L’iode: Botaniflor affiche une teneur mesurée d’environ 9 mg pour 100 g pour l’Océan 4, et du double pour l’Océan 6, soit 18 mg pour 100 g. Un gramme de ce second mélange apporte donc près de 180 µg d’iode, davantage que la valeur nutritionnelle de référence de 150 µg par jour fixée par le règlement (UE) n°1169/2011 du 25 octobre 2011.  Notre conseil : une pincée, pas une cuillère à soupe, et pas de cumul avec un complément alimentaire contenant déjà de l’iode.

Un dernier mot sur l’individualité. Puisque chaque microbiote est propre à la personne qui le porte, aucune grille ne vaut pour tout le monde. Compter les espèces de son panier reste en revanche un exercice à la portée de chacun, et il en dit plus long sur votre semaine que n’importe quelle promesse d’équilibre imprimée sur une étiquette.

Tout complément alimentaire vendu en France porte une mention rappelant qu’il ne doit pas être utilisé comme substitut d’un régime alimentaire varié (directive 2002/46/CE, transposée par le décret n°2006-352 du 20 mars 2006). Certaines préparations à base d’eau de mer sont commercialisées comme compléments alimentaires ; leur utilisation doit respecter les conditions d’emploi indiquées par le fabricant. Vous trouverez sur le site notre plasma marin hypertonique, nos conseils et précautions d’utilisation et l’ensemble de la gamme dans la boutique. Ces produits viennent en complément d’une alimentation variée, jamais à sa place.

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Sources

• Inserm (2021), dossier Microbiote intestinal (flore intestinale) : https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/
• Inserm / Santé.fr (mars 2026), Microbiote : que valent vraiment les tests et les compléments alimentaires ? : https://www.sante.fr/decryptage/nos-reponses/microbiote-que-valent-vraiment-les-tests-et-les-complements-alimentaires
• Règlement (UE) n°432/2012 du 16 mai 2012 (EUR-Lex) : https://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/?uri=CELEX:32012R0432
• ScienceDaily (15 mai 2018), American Gut Project, McDonald D. et al., mSystems : https://www.sciencedaily.com/releases/2018/05/180515092931.htm
• CERIN (2025), Diversité et qualité de l’alimentation : des impacts différents sur le syndrome métabolique (étude SHIP, J. Am. Nutr. Assoc.) : https://www.cerin.org/breves-scientifiques/diversite-et-qualite-de-lalimentation-des-impacts-differents-sur-le-syndrome-metabolique/
• Santé publique France, Les résultats de l’étude Esteban : https://www.santepubliquefrance.fr/nutrition-et-activite-physique/les-resultats-de-letude-esteban-2014-2015
• Boudaud M., Chassaing B. et al. (janvier 2026), Biodiversité du microbiote intestinal et alimentation moderne, médecine/sciences : https://www.medecinesciences.org/articles/medsci/full_html/2026/01/medsci20250008/medsci20250008.html
• Stanford Medicine (12 juillet 2021), Fermented-food diet increases microbiome diversity (Wastyk H. et al., Cell) : https://med.stanford.edu/news/all-news/2021/07/fermented-food-diet-increases-microbiome-diversity-lowers-inflammation.html
• Institut Pasteur de Lille, Prendre soin de son microbiote intestinal pour une bonne santé : https://pasteur-lille.fr/actualites/lien-microbiote-sante/
• Directive 2002/46/CE du 10 juin 2002 (EUR-Lex) : https://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/?uri=CELEX:32002L0046
• Décret n°2006-352 du 20 mars 2006 relatif aux compléments alimentaires (Légifrance) : https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000000638341
• ANSES (25 juin 2018), Avis relatif au risque d’excès d’apport en iode lié à la consommation d’algues dans les denrées alimentaires (saisine 2017-SA-0086) : https://www.anses.fr/system/files/NUT2017SA0086.pdf
• Règlement (UE) n°1169/2011 du 25 octobre 2011 concernant l’information des consommateurs sur les denrées alimentaires, annexe XIII (EUR-Lex) : https://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/?uri=CELEX:32011R1169
• Botaniflor, fiche de présentation de la gamme Océan 4, Océan 6, Végétal 10, Végétal 15 (document fabricant transmis par le client, compositions, teneurs en iode et repères de consommation).